Zgodnie z ustawą z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej, Naczelnik Urzędu Skarbowego jest organem Krajowej Administracji Skarbowej. Minister Finansów Inwestycji i Rozwoju w drodze zarządzenia określa organizację urzędu skarbowego oraz nadaje mu statut.

Status prawny Naczelnika Urzędu Skarbowego i kierowanego przez niego Urzędu regulują:

• Ustawa z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej (t. j. Dz. U. 2019 r. poz. 768 ze zm.),
• Zarządzenie Ministra Finansów z dnia 5 lutego 2019 r.  w sprawie organizacji Krajowej Informacji Skarbowej, izby administracji skarbowej, urzędu skarbowego, urzędu celno-skarbowego i Krajowej Szkoły Skarbowości  oraz nadania im statutów (Dz. Urz. Min. Fin. poz. 12 i 73 oraz Dz. Urz. Min. Fin. Inw. i Rozw. Poz. 6 i 22),
• Zarządzenie Nr 31/2019 Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Zielonej Górze z dnia 24 kwietnia 2019 r.  w sprawie nadania Regulaminu organizacyjnego Drugiemu Urzędowi Skarbowemu w Zielonej Górze, zmienione zarządzeniem Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Zielonej Górze nr 55/2019 z dnia 9 grudnia 2019 r. i nr 12/2020 z dnia 10 lutego 2020 r.,
• Rozporządzenie Ministra Rozwoju i Finansów z  24 lutego 2017 r. w sprawie terytorialnego zasięgu działania oraz siedzib dyrektorów izb administracji skarbowej, naczelników urzędów skarbowych i naczelników urzędów celno-skarbowych oraz siedziby dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej (Dz. U. z 2017 r. poz. 393),
• Ustawa z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych (t. j. Dz. U. z 2019 r. poz. 869 ze zm.).