Od 1 stycznia 2016 r. ulegną zmianie przepisy dotyczące określenia właściwości miejscowej naczelnika urzędu skarbowego w zakresie podatku od towarów i usług.

Zgodnie z art. 10 pkt 1 ustawy z 10 września 2015 r. o zmianie ustawy – Ordynacja podatkowa oraz niektórych innych ustaw (Dz.U. z 20 października 2015 r. poz. 1649): w ustawie z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. z 2011 r. Nr 177 poz. 1054 z późn. zm.) uchyla się ust. 1 i ust. 2, w ust. 3 uchyla się pkt 1, uchyla się ust. 3a-5. Ww. art. 10 ustawy nowelizującej, wchodzi w życie z dniem 1 stycznia 2016 r. W związku z wyżej wymienioną zmianą od 1 stycznia 2016 r., co do zasady, do określenia właściwości miejscowej naczelnika urzędu skarbowego w zakresie podatku od towarów i usług będzie miała zastosowanie generalna zasada wynikająca z art. 17 § 1 ustawy – Ordynacja podatkowa. Art. 17 § 1 ustawy – Ordynacja podatkowa stanowi, że jeżeli ustawy podatkowe nie stanowią inaczej, właściwość miejscową organów podatkowych ustala się według miejsca zamieszkania albo adresu siedziby podatnika, płatnika, inkasenta lub podmiotu wymienionego w art. 133 § 2.

Niemniej nadal obowiązywać będzie art. 3 ust. 3 pkt 2 i 3 ustawy o podatku od towarów i usług, które stanowią, że w przypadku podatników nieposiadających siedziby działalności gospodarczej lub stałego miejsca prowadzenia działalności gospodarczej na terytorium kraju - właściwym organem podatkowym jest Naczelnik Drugiego Urzędu Skarbowego Warszawa-Śródmieście, zwany dalej "naczelnikiem drugiego urzędu skarbowego"; natomiast w przypadku podatników o których mowa w art. 130a pkt 2, i podmiotów zagranicznych, o których mowa w art. 131 pkt 2, zidentyfikowanych na potrzeby procedury szczególnej rozliczania VAT, o której mowa w dziale XII w rozdziałach 6a i 7, dla których państwem członkowskim konsumpcji jest Rzeczpospolita Polska - właściwym organem podatkowym jest Naczelnik Łódzkiego Urzędu Skarbowego.

Ponadto zgodnie z przepisem przejściowym – art. 27 ww. ustawy nowelizującej, postępowania podatkowe, kontrole podatkowe, czynności sprawdzające oraz inne sprawy podatkowe w zakresie podatku od towarów i usług, rozpoczęte i niezakończone do dnia 1 stycznia 2016 r., będą podlegały załatwieniu przez naczelników urzędów skarbowych właściwych w zakresie podatku od towarów i usług na podstawie przepisów obowiązujących do końca 2015 r. Również zwroty podatku od towarów i usług niedokonane przed dniem 1 stycznia 2016 r., pozostają we właściwości naczelników urzędów skarbowych właściwych w zakresie podatku od towarów i usług na podstawie przepisów obowiązujących do końca 2015 r.